在現代樣品分析中，氣相色譜（GC）和液相色譜(LC)均是普遍采用的分析方法。但兩者也存在許多不同之處，具備不同的特性，這些特性也決定了它們不同的應用范圍。

1. 流動相區別

GC：流動相為惰性氣體，流動相與組分無親合作用力，只與固定相有相互作用。流動相在氣相色譜分析中稱為載氣。

LC：流動相為液體，流動相與組分間有親合作用。

2. 色譜柱長度區別

GC：色譜柱長度在幾米到幾十米不等。氣相色譜由于載氣的相對分析量較低，分子間隙大，故粘度低，流動性好，組分在氣相中流動速度快，因此可以增加柱長，以提高柱效。

LC：色譜柱通常在幾十到幾百毫米。

3. 分析樣品選擇性

GC：相對分子質量較小（一般小于1000），低沸點（一般小于500℃），易揮發，熱穩定性。

LC：更適用于分析高沸點，難揮發，熱穩定性差，分子質量較大（1000 - -2000）的液體化合物。

據統計，氣相色譜能分析的有機物只占全部有機物的15%-20%，其可分析樣品的范圍小于液相色譜，但隨著近幾年樣品前處理技術的更新，如頂空進樣和裂解進樣等，進一步擴大了氣相色譜的分析范圍。

4. 檢測器差異 

GC：氫火焰離子化檢測器（FID），熱導檢測器（TCD），電子捕獲檢測器（ECD），火焰光度檢測器（FPD），氮磷檢測器（NPD）。

LC：紫外檢測器，熒光檢測器，示差折光檢測器。

5. 其他方面

GC：需要將樣品在氣化室氣化，需要較高的檢測溫度，采用尖頭進樣針。

LC：不必對樣品氣化，常溫即可檢測，采用平頭進樣針。